Siemenpuu-säätiö on jäsen seuraavissa järjestöissä ja verkostoissa:
Fingo ry – Suomalaisten kehityskysymyksissä toimivien järjestöjen ja säätiöiden yhteistyöjärjestö.
Maailma.net ry – Maailma.net-uutissivustoa ylläpitävä järjestö, jonka jäseninä on suomalaisia kehitys- ja ihmisoikeustoimijoita, pääasiassa kansalaisjärjestöjä.
EDGE Funders Alliance – Kansainvälinen järjestelmätason muutosta ajavien rahoittajien yhteistyöverkosto. Verkoston tavoitteena on lisätä tietoisuutta ja syventää ymmärrystä yhteistä tulevaisuuttamme uhkaavista toisiinsa kytkeytyneistä kriiseistä, jotta voidaan lisätä resursseja oikeudenmukaisuutta, tasapuolisuutta ja planeetan hyvinvointia tukevien systeemisten vaihtoehtojen löytämiseksi. Siemenpuu on EDGE Funders Alliancen ainoa suomalainen jäsen.
Alliance for Land, Indigenous and Environmental Defenders (ALLIED) – Kansainvälinen yhteistyöverkosto ympäristönpuolustajien työn ja aseman vahvistamiseksi ja puolustamiseksi. Jäseninä on niin kansallisen, alueellisen kuin globaalin tason toimijoita, sekä maan, alkuperäiskansojen ja ympäristön puolustajia, heidän järjestöjään ja sekä heitä tukevia järjestöjä. (Suomesta jäsenenä on myös sisarsäätiömme Kansalaisjärjestöjen ihmisoikeussäätiö KIOS.)