Siemenpuu-säätiön perusti vuonna 1998 joukko suomalaisia ympäristö- ja kehitysjärjestöjä: BirdLife, Dodo, Kepa, Luonnonsuojeluliitto, Luonto-Liitto, Maan Ystävät, Natur och Miljö, Pääskyt, Tekniikka elämää palvelemaan, Tinku, Uusi Tuuli, Vihreä Sivistysliitto, WWF, Ympäristö ja Kehitys ja Ympäristökasvatuksen seura. Mukana oli myös Liikenneliitto, jonka toiminta loppui pian perustamisasiakirjan allekirjoittamisen jälkeen. Perustajajärjestöistä suurin osa toimii edelleen ja on myös mukana Siemenpuun toiminnassa. Perustajien nimittämät edustajat valtuuskunnassa valitsevat vuosittain Siemenpuun hallituksen.
Samaan aikaan Siemenpuun kanssa perustettiin Abilis ja Kansalaisjärjestöjen ihmisoikeussäätiö KIOS. Ulkoasianministeriön ja kansalaisjärjestöjen välillä käydyn monivuotisen keskustelun jälkeen päädyttiin perustamaan nämä kolme kansalaistoimijoiden säätiötä, joiden avulla Suomen kehitysyhteistyövaroja voidaan ohjata Etelän järjestöjen ja kansalaisliikkeiden työhön ihmisoikeus-, vammais- ja ympäristösektoreilla. Ulkoministeriö on ollut perustamisesta lähtien näiden kolmen säätiön pääasiallinen rahoittaja ja yhteistyökumppani. Viimeiset vuodet säätiöiden tuki on ollut osa ulkoministeriön kansalaisyhteiskuntayksikön hallinnoimaa ohjelmatuki-rahoituskokonaisuutta.
Siemenpuun rahoitustoiminta Etelän järjestöille alkoi hieman myöhemmin kuin kahden muun säätiön, sillä Siemenpuu halusi taata toimintansa peruslähtökohdat myös käyttäessään ulkoministeriön rahoitusta. Siemenpuu noudattaa ja toteuttaa toimissaan kansainvälisiä ympäristö- ja ihmisoikeussopimuksia sekä hyvän hallinnon ohjeistuksia. Sen sijaan Siemenpuu ei poliittisesti sitoudu Suomen vaihtuvien hallitusten kaikkiin linjauksiin.
Vuodesta 2002 lähtien Siemenpuu on rahoittanut yli 650 hanketta, yli 50 maassa. Alkuvuosina hankkeiden teemojen ja maiden kirjo oli laaja. Fokus on kaventunut, osin päärahoittajankin vaatimuksesta, mutta keskeiset periaatteet ovat edelleen samat kuin toiminnan alkuvuosina.
Siemenpuun rahoittamissa hankkeissa lähtökohtana on edelleen paikallisten toimijoiden omistajuus ja ihmisoikeudet. Kaikilla tulee olla oikeus osallistua elinympäristöään koskevaan päätöksentekoon sekä yksilöinä että yhteisöjensä edustajina. Kaikkien yhteisöjä koskevien aloitteiden – myös tuettujen hankkeiden – on perustuttava näiden vapaaseen ja tietoon perustuvaan ennakkosuostumukseen.
Elonkirjon suojelu ja vahvistaminen on ollut keskeistä käytännössä kaikissa tuetuissa hankkeissa, sitä on tehty käsi kädessä ilmastonmuutoksen torjunnan kanssa. Lisäksi Siemenpuu on vahvistanut yhteistyötä ja koordinaatiota eri kansalaisaloitteiden välillä ja tavoitellut oikeudenmukaista siirtymää ekologiseen demokratiaan.