Feministisen agroekologian teemakokonaisuudessa Siemenpuun tavoite on pienviljelystä riippuvaisten paikallisyhteisöjen ja erityisesti naispienviljelijöiden oikeuksien vahvistaminen, toimeentulon parantaminen sekä elonkirjon vaaliminen.
Kokonaisuudessa tuetaan etenkin Mosambikin kansalaisyhteiskunnan toimijoiden hankkeita. Ruoantuotantoon keskittyvissä hankkeissa vahvistetaan aktiivisesti naisten ja vammaisten henkilöiden kapasiteettia sekä johtajuutta luonnonvarojen hallinnassa.
Pienviljelyn osalta tukea tarvitaan niin agroekologiseen ruokajärjestelmään siirtymisessä kuin sen vahvistamisessa. Erityisesti naisviljelijöiden kapasiteettia puolustaa maanhallinta- ja siemenoikeuksiaan on tärkeää tukea suuren mittakaavan maankäyttöintressien puristuksessa. Maanhallinnan epävarmuus, julkisten palveluiden puute ja ilmastonmuutoksen tuomat sään ääri-ilmiöt nakertavat uskoa tulevaisuuteen ja saavat nuoret muuttamaan kaupunkeihin paremman toimeentulon löytämiseksi.
Siemenpuun feministisessä näkökulmassa agroekologiaan korostuvat sukupuolten tasa-arvoiset oikeudet muun muassa viljelymaan hallintaan, siemeniin, tietotaitoon, toimeentuloon, sekä osallisuuteen ja päätöksentekoon. Naisiin kohdistuvan rakenteellisen syrjinnän vuoksi hanketukea suunnataan erityisesti työhön naispienviljelijöiden parissa, sekä paikallisyhteisöjen gender-sensitiivisten miesvaikuttajien kannustamiseen. Agroekologista ruokajärjestelmää tavoiteltaessa nostetaan keskusteluun kysymyksiä perinteisesti naisten ja miesten vastuina pidettyjen töiden arvottamisesta, koti- ja hoivatyön sukupuolittuneesta jakautumisesta, perheiden ja yhteisöjen valtasuhteista, sekä ajankäytön jakautumisesta. Myös naisiin kohdistuvaan väkivaltaan liittyviä teemoja nostetaan esiin.
Paikallisyhteisöjä tuetaan pienviljelijälähtöisen agroekologian käytäntöjen kehittämisessä toimeentulomahdollisuuksien monipuolistamiseksi ja ruoantuotannon elonkirjon vaalimiseksi. Yhteisöjen pienviljelijöiden, erityisesti naisten järjestäytymistä, kapasiteettia ja verkostoitumista vahvistetaan, jotta he pystyvät vaatimaan oikeudenmukaista yhteiskuntapolitiikkaa ja puolustamaan oikeuksiaan muun muassa maanhallintaan ja siemeniin. Tulonhankintaa vahvistetaan tukemalla pientuottajien yhteistyötä sadon myynnissä. Paikallisia luonnonvarojen hallintakomiteoita aktivoidaan luonnonvaroista huolehtimiseksi ja niiden kestävästä käytöstä saatavien tulojen oikeudenmukaisen jakautumisen varmistamiseksi.
Agroekologiassa tavoitellaan paikallisyhteisöihin sekä vastuulliseen tuottamiseen ja kuluttamiseen perustuvaa ruokajärjestelmää. Agroekologisen ruoantuotannon menetelminä edistetään maaperän elinvoimaisuuden vaalimista, ravinteiden kierrättämistä, elonkirjon dynaamista hallintaa, energian säästämistä, monilajista vuoroviljelyä, peltometsäviljelyä, kompostointia, luontaisten torjuntamenetelmien käyttöä ja tippukastelua. Lisäksi tuetaan eläinten ja kasvien maatiaislajikkeiden vaalimista ja ulkoisten panosten hankkimisen minimointia. Hanketoteutuksessa kannustetaan hyödyntämään pienviljelijöiden vertaistukea ja -oppimista.
Agroekologista viljelyä tukemalla edistetään vähähiilistä yhteiskuntakehitystä, ilmastonmuutoksen vaikutuksiin sopeutumista ja muutoskestävyyttä. Agroekologisessa ruokajärjestelmässä fossiilisiin resursseihin perustuvien ulkoisten panosten tarve pyritään minimoimaan, resursseja kierrätetään ja ruokajärjestelmän pai-kallisuuspainotteisuuden ansiosta hävikki vähenee. Monimuotoinen viljely, puuston suosiminen osana viljelyalaa, ja paikallisten viljelylajikkeiden sekä eläinrotujen vaaliminen vähentävät haavoittuvuutta ilmastonmuutoksen aiheuttamille äärimmäisille sääilmiöille. Sekä puusto että lisääntynyt humus sitovat lisäksi hiiltä.