Siemenpuu-säätiö on jäsen seuraavissa järjestöissä ja verkostoissa:
Fingo ry – Suomalaisten kehityskysymyksissä toimivien järjestöjen ja säätiöiden yhteistyöjärjestö.
Maailma.net ry – Maailma.net-uutissivustoa ylläpitävä järjestö, jonka jäseninä on suomalaisia kehitys- ja ihmisoikeustoimijoita, pääasiassa kansalaisjärjestöjä.
EDGE Funders Alliance – Kansainvälinen järjestelmätason muutosta ajavien rahoittajien yhteistyöverkosto. Verkoston tavoitteena on lisätä tietoisuutta ja syventää ymmärrystä yhteistä tulevaisuuttamme uhkaavista toisiinsa kytkeytyneistä kriiseistä, jotta voidaan lisätä resursseja oikeudenmukaisuutta, tasapuolisuutta ja planeetan hyvinvointia tukevien systeemisten vaihtoehtojen löytämiseksi.